Hendrik Pierson groeide op in een deftig zakenmilieu en de sfeer van het Réveil. Van grote invloed was de poëtische vroomheid van zijn moeder en de profetische bezieling van Da Costa. In Utrecht studeerde hij theologie. Hier vond hij weinig geestelijk voedsel, maar hij laafde zich aan de prediking van Beets en diens Stichtelijke Uren. In 1857 werd hij predikant in de Zuid-Hollandse gemeente Heinenoord. In deze jaren kwam Pierson onder invloed van het modernisme en overwoog hij zijn ambt neer te leggen, maar na een ernstige geestelijke crisis in de jaren 1856-1868, waarin hij, naar eigen zeggen, geleerd had af te dalen in de diepten van het eigen zondige hart en zich over te geven aan Gods genade, kwam hij tot grote en blijvende geloofszekerheid.

In 1869 vertrok hij naar Den Bosch waar hij sterk ijverde voor het christelijk onderwijs, waaraan hij later als voorzitter van de Schoolraad, een belangenorganisatie voor het christelijk onderwijs, ook op landelijk niveau een belangrijke bijdrage heeft geleverd. Diep ingrijpend was het overlijden van zijn vrouw in 1870. In 1872 hertrouwde hij met Petronella Oyens, een intelligente vrouw die haar man tot grote steun is geweest en voor de kinderen een moeder zoals zij zich bijna niet beter konden wensen. Ook in Zetten, waar een stille en zegenrijke invloed van haar uitging, was zij geliefd.

In 1877 aanvaardde Pierson zijn benoeming tot president-directeur van de Heldringgestichten te Zetten. De keuze voor Zetten was hem niet licht gevallen, maar hij zag zijn weg daarheen als onderdeel van Gods leiding, als een roeping die hij niet kon weerstaan, ook al ging deze tegen eigen aanleg in. Want evenals zijn broer Allard (1831-1896) had hij grote letterkundige en wetenschappelijke gaven, terwijl hij, gelijk zijn andere broer Nicolaas Gerard (1839-1909), ook als staatsman had kunnen schitteren. Bij Pierson hebben aanleg en roeping zeker met elkaar gestreden, zo schrijft zijn congeniale biograaf Schram: “Maar er komt een ogenblik dat de aanleg zich onder de roeping, ten dienste van de roeping, gaat stellen. Steeds duidelijker wordt dan aan hem die dit betreft, dat het hartstochtelijk zoeken naar waarheid dat in ons is, zijn vervulling vindt daar waar men zich overgeeft en laat leiden.” In Zetten heeft Pierson zijn levensbestemming gevonden. Met grote liefde en energie heeft hij zich hier ingezet voor kwetsbare meisjes en vrouwen. Aan de tehuizen van Heldring – over wie hij altijd met eerbied sprak en wiens werk hij wenste voort te zetten – voegde Pierson het Magdalena-huis (1882) voor ongehuwde moeders toe, in 1888 gevolgd door het Kinderhuis. Tevens kwamen tot stand de opleidingshuizen Hosa Semna en Hosa Euphema, bestemd voor meisjes van zes tot veertien jaar die hier werden opgeleid voor de voorbereidende school van de Normaalschool.

Piersons dagen in Zetten waren bijzonder gevuld. Naast de algemene leiding van het groot geworden pedagogisch Zettense inrichtingencomplex – waarbij hij zich beperkte tot de grote lijnen en aan de directrices van de tehuizen, wier talenten hij wist te stimuleren, een bijna absolute vrijheid gaf –, gaf hij catechisatie, predikte elke zondag tweemaal, hield hij literaire lezingen voor de aanstaande onderwijzeressen van de Normaalschool en de medewerksters van de tehuizen, alsmede vertelavonden voor de meisjes van de tehuizen. Dit alles deed hij met veel talent en bezieling. Zijn catechisatie, waarvoor hij zelf boekjes schreef en de meisjes steeds voorhield dat zij zich de bijbel innerlijk eigen moesten maken, was voortreffelijk, terwijl hij met zijn prediking, die hem ook buiten Zetten grote faam als kanselredenaar bezorgde, zowel de kleine kinderen en de eenvoudigen als de ontwikkelden wist te raken.

Befaamd geworden zijn ook de literaire avonden waarop hij voordrachten hield over onder andere Homerus, Dante, Shakespeare en Bunyan, terwijl hij tevens graag sprak over 19de-eeuwse tijdgenoten als Bilderdijk en Da Costa. Deze literaire avonden, waar zich een troostvolle wereld van schoonheid openbaarde, waren zeer geliefd bij de toehoorsters. Pierson zelf was eveneens aan deze avonden gehecht. Dan werd in hem weer de estheticus wakker. De vertelavonden voor de meisjes van de tehuizen waren eveneens hoogtepunten.Terwijl ze aan het handwerken of naaien waren, luisterden ze ademloos naar de met zorg gekozen verhalen van Pierson, die door de schrijfster Wilma (1873-1967) gekarakteriseerd is als een begenadigd verteller en een eersteklas voordrachtskunstenaar. Pierson was echter niet alleen vertolker van anderen, maar schreef ook zelf poëzie. Bekend geworden zijn de Vluchtheuvelzangen (Amsterdam 1904), mooie bijbelse liederen die voor het geestelijke leven van velen betekenis hebben gehad. Met name twee liederen zijn ook buiten Zetten bekend geworden: het majestueuze God is getrouw en het innige Houd Gij mijn handen beide, met kracht omvat.

De Heldringgestichten wilden redden. Maar vanaf het begin heeft Heldring ook getuigd tegen het kwaad van de prostitutie en geprobeerd de publieke opinie wakker te schudden. Deze strijd heeft Pierson met grote kracht voortgezet. Aan het begin van Piersons strijdbare getuigenis stond een vrouw. Deze vrouw was de Engelse Josephine Butler (1828-1906), leidster van het in de jaren ’70 in Europa sterk toenemende verzet tegen het overheidsstelsel van gedwongen reglementering van prostituees, een stelsel dat zij en haar medestanders zagen als door de overheid gesanctioneerde ontucht. Haar rede op een internationaal congres in 1877 over het door God aan de vrouw gegeven zelfbeschikkingsrecht over haar persoon en lichaam maakte grote indruk op Pierson en overtuigde hem voorgoed van de betekenis van de strijd tegen de prostitutie, waaraan hij zich, naast zijn werk in Zetten, nu volledig begon te wijden. Deze strijd, in wezen een strijd voor de waardigheid van de vrouw, spitste zich toe op afschaffing van de gedwongen reglementering en begon met de oprichting (1878) van Het Maandblad “Getuigen en Redden”, waarvan Pierson hoofdredacteur werd. Het jaar daarop volgde de oprichting van de Nederlandsche Vereeniging tegen de Prostitutie (NVP), waarvan Pierson tot 1909 voorzitter bleef.

In woord en geschrift heeft Pierson, die zich grondig in de wetenschappelijke literatuur had verdiept, met een keur van argumenten tientallen jaren gestreden tegen de officiële juridische en medische wetenschap die de reglementering aanvaardde of goedkeurde; deze polemiek van een predikant met juristen en medici, waarbij Pierson zich op hetzelfde of hoger niveau dan zijn tegenstanders bewoog, is een unicum in de vaderlandse kerkgeschiedenis. Op talloze openbare debatavonden kruiste hij de degens met zijn tegenstanders, waarbij hij scherp, maar steeds waardig optrad en diepe indruk op het geweten van zijn hoorders wist te maken. Scherp en appellerend waren ook brochures als Prostitutie van de wetenschap. Antwoord aan Dr. A.P Fokker, hoogleraar in de hygiëne, op diens . brochure: “De prostitutie-kwestie” (’s-Gravenhage 1879), Openbare brief aan Dr. A. Aletrino naar aanleiding van diens brochure “Over eenige oorzaken der prostitutie” (Amsterdam 1902) en Prostitutie en Maatschappij (Utrecht 1909). In de laatste brochure zette Pierson nog eens uiteen dat de gedwongen reglementering in strijd was met het recht, de hygiëne en de moraal. Met het recht omdat de vrouw van haar vrijheid beroofd werd, met de hygiëne omdat er een valse gerustheid werd geschapen en ten slotte met de moraal omdat er een al dan niet gewaarborgde gelegenheid tot voldoening van geslachtsdrift en bedrijven van overspel werd gegeven. Van grote betekenis was ook Piersons verzet tegen de alom heersende dubbele moraal die de ongebreidelde geslachtsdrift van de man goed praatte en de vrouw als werktuig of schuldige zag. Evenals Josephine Butler benadrukte hij dat er geen tweeërlei zedenwet is. Voor man en vrouw is er maar één moraal.

De strijd van Pierson is vooral tot omstreeks de eeuwwisseling bijzonder zwaar geweest. De weerstand van de overheid, de wetenschap en de publieke opinie was groot, maar uiteindelijk vond er een radicale omslag in denken en wetgeving plaats. In 1911 werd de reglementering definitief afgeschaft en werden de bordelen verboden. Pierson was diep getroffen. Het scheen hem alsof de gehele wereld was omgekeerd. Van betekenis was ook Piersons aandeel in de totstandkoming van de Kinderwetten (1905), die het mogelijk maakten ouders bij rechterlijke uitspraak te ontheffen van de ouderlijke macht en opvoedingsgestichten en weeshuizen het recht van voogdij gaven.

Na zijn vertrek (1914) uit Zetten trad een sterke aftakeling op en zijn laatste levensjaren waren in nevelen gehuld. Ontroerend is het te lezen hoe op sommige momenten omfloerste beelden uit Zetten weer voor zijn geestesoog verrezen. Pierson is een van de grote figuren van de Inwendige Zending geweest. Een man die tot in de ziel ontroerd was door de ellende die hij dagelijks om zich heen zag en daarom de overheid heeft gewezen op onrecht in wet en verordening en de maatschappij op ontaarding in zeden en gewoonten. In deze strijd naar buiten was hij krachtig en strijdbaar. Maar tegelijkertijd bezat hij een zachte en kinderlijke natuur die zich verkwikte aan de omgang met de kinderen in Zetten bij wie hij zeer geliefd was.