Al heel vroeg, hij was pas negen jaar oud, begon voor Willem Asselbergs een leven in internaten, waarvan het grootseminarie te Hoeven, waar hij enkele jaren de opleiding tot priester volgde, het laatste was. Intussen was zijn liefde voor en kennis van de literatuur danig uitgegroeid, maar een ontluikend dichterschap bleek niet te combineren met de strikte eisen voor het priesterschap. Al vóór hij zijn opleiding afbrak, publiceerde hij gedichten in de tijdschriften De Beiaard en in een nieuw blad, vooral gemaakt door jongere katholieke auteurs: Roeping. Om zijn anonimiteit tegenover zijn geestelijke superieuren te waarborgen, koos hij bij zijn eerste publicaties in deze bladen, in de veronderstelling dat zijn voorouders Asselbergs uit het Noord-Franse Duinkerken kwamen, het pseudoniem Toon, weldra Anton, van Duinkerken. Die naam heeft hij zijn leven lang gedragen. Ze werd met name onder katholieken in Nederland en Vlaanderen zeer bekend.

Vanaf april 1927 volgde hij de mo-opleiding Nederlands te Tilburg. In hetzelfde jaar werd hij medewerker en twee jaar later redacteur van het katholieke dagblad De Tijd en van Roeping. Hij werd de belangrijkste essayist van de katholieke jongeren in de jaren ’30, niet alleen door zijn werk in De Tijd en vanaf 1 januari 1929 als redacteur van het tijdschrift De Gemeenschap, dat in Utrecht zijn oorsprong en basis had, maar ook door zijn optreden in het publiek als begaafd redenaar. Kreeg zijn debuut als dichter in september 1927 met de bundel Onder Gods ogen, naast lof van Brabantse lezers, afwijzende kritiek van belangrijke dichters uit het noorden als Jan Engelman, Albert Kuyle en de Nijmeegse Henri Bruning, met zijn eerste grote essay, Verdediging van Carnaval, gepubliceerd in 1928, vestigde hij onmiddellijk zijn naam en faam als apologeet van de rooms-katholieke kerk. De wijze waarop dit levendige betoog tot stand kwam, is tekenend voor Van Duinkerkens vermogen om opgedane kennis te benutten. Voor het eerst na het verlaten van het seminarie had hij in 1927 carnaval meegemaakt in zijn geboortestad, met het meisje aan zijn zijde dat zijn vrouw zou worden, de lerares Frans, Leonie Arnolds. Hij had zich een dag en avond lang in het carnavalsgewoel gestort, en zich, thuisgekomen, aan de studeertafel gezet om, in deze nacht van zaterdag op zondag een begin te maken met het essay. Hij schreef er bijna onafgebroken aan tot het op de dinsdag vóór Aswoensdag gereed was. Alle cultuurhistorische kennis die nodig was om dit doortimmerde betoog te kunnen schrijven, zat opgesloten in zijn hoofd. Dat het essay nu bij de uitgeverij van De Gemeenschap in Bilthoven werd gedrukt en uitgegeven, markeerde Van Duinkerkens overgang van het zuidelijke, nogal provinciale Roeping naar het algemenere, noordelijker tijdschrift De Gemeenschap.

In november 1929 verhuisde hij naar Amsterdam, waar hij de vader werd van een groot gezin en de vriend van velen. Was hij van nature al geen generalist, dan zou hij het hier geworden zijn, dankzij zijn werk bij De Tijd. Weliswaar werd hij officieel redacteur letteren, maar de facto was hij, zoals Kees Fens het ooit heeft uitgedrukt, “eerder journalist dan redacteur letteren”. Hij schreef hele pagina’s vol over bijvoorbeeld piramiden, de holbewoners van Les Eysies, P Hooft, .C. Jeanne d’Arc en de Biesbosch, maar zulke stukken ondertekende hij nimmer. De redacteur letteren kwam aan zijn trekken in meer dan wekelijkse bijdragen over literatuur, duidelijk bestemd voor de katholieke lezer. In verzamelbundels als Roofbouw (1929) en Achter de vuurlijn (1930) is na te lezen hoe hij keer op keer gestalte gaf aan zijn combinatie van overtuigende religiositeit en goede smaak in het literaire oordeel. Daarmee maakte hij een einde aan een clericale literatuurkritiek, die hij als bevoogdend en niet van zijn tijd neersabelde. Zijn fenomenale geheugen en zijn buitengewone improvisatievermogen kwamen hem als journalist en redenaar zeer te stade en de anekdotes van zijn optreden zijn wat dit betreft legio.

Strijdbaar toonde Van Duinkerken zich ook in zijn eerste grote essay ter verdediging van het katholieke geloof tegen de moderne relativistische moraal. Hedendaagse ketterijen (1929) betekende het begin van tien jaar debat met Menno ter Braak. In deze polemieken met andersdenkenden zoals Ter Braak, maar ook in zijn cultuurhistorische beschouwingen over grote figuren van het christendom zoals Bernardus van Clairvaux, Augustinus en Dante, toonde hij zich de eloquente verdediger van een rooms-christelijk geloof dat hem intens en tot op het allerlaatst dierbaar was. Zijn grote bloemlezing Dichters van de Contra-Reformatie (1932) betekende de opstap naar een wetenschappelijke loopbaan. In 1937 werd hij eredoctor van de katholieke universiteit Leuven voor zijn bloemlezingen uit de katholieke poëzie vanaf de middeleeuwen tot in de eigen tijd. Zijn bijzondere voorkeur voor het werk van Vondel bezorgde hem – overigens tegen de zin van de zittende ordinarius P.N. van Eyck – in 1940 de Vondelleerstoel aan de Rijksuniversiteit te Leiden. In 1948 werd hij hoogleraar kunstgeschiedenis aan de Jan van Eyck Academie te Maastricht.

Terwijl nogal wat katholieke jonge intellectuelen in de crisisjaren ’30 heil verwachtten van fascistische en nationaal-socialistische bewegingen, kwam Van Duinkerken hier van meet af aan tegen in verzet. Zijn Ballade van de katholiek, waarin hij zich te weer stelde tegen de beschuldigingen van de NSB-leider Mussert als zou hij een nep-katholiek zijn, werd zijn beroemdste gedicht. In zijn politieke opvattingen neigde hij steeds meer naar het socialisme. In 1942 verbleef hij meer dan een half jaar als gijzelaar van de Duitse bezetter in Sint-Michielsgestel. Zijn gezag werd ook in Amsterdam van dien aard, dat men hem, na de oorlog, bombardeerde tot organisator van de bevrijdingsfeesten. Zijn daadkrachtige bemoeienis daarmee kostte hem door een ongelukkige botsing van de jeep waarin hij werd vervoerd met een achtergelaten tankversperring, een blessure aan zijn rechterarm, die blijvend zou zijn. Waren zijn polemieken met Ter Braak tijdgebonden, andere essays van beschouwelijke aard zoals Verscheurde christenheid, De mensen hebben hun gebreken en Legende van de tijd alsmede een aantal van zijn gedichten stempelen hem tot een van de belangrijkste christen-humanisten van ons taalgebied.

Na de Tweede Wereldoorlog was zijn geschiedenis van de vernieuwing van de Nederlandse letterkunde sinds de Tachtigers zijn opus magnum. In 1952 werd hij hoogleraar algemene en Nederlandse letterkunde aan de Katholieke Universiteit Nijmegen. Zijn voornaamste werk bracht hij in drie delen Verzamelde geschriften bijeen. Voorts publiceerde hij zijn zeer toegankelijke en levendige Brabantse herinneringen (1964). Algemeen werd en wordt ook thans noch deze autobiografie als zijn literair boeiendste boek gewaardeerd. Voor zijn hele omvangrijke oeuvre verwierf hij in 1967 de P.C. Hooftprijs.

Intussen was Nijmegen voor hem Brabant noch Amsterdam. Hij zag er hoe zijn kinderen volwassen werden en uitvlogen. Hij was er als hoogleraar benoemd tegen de wil van sommigen binnen en buiten de universiteit en met de kritische ogen van op wetenschappelijk onderzoek gespitste collega’s voortdurend op zich gericht. Al had hij in de Keizer Karelstad zeker de steun en vriendschap van andere groten die kunst en wetenschap met elkaar verbonden, zoals de bijbelexegeet W. Grossouw en de historicus L.J. Rogier, hij miste het milieu van kunstenaars en journalisten dat hij achter had gelaten. Hij stak, zoals Grossouw eens heeft geschreven, “altijd net iets buiten alle kaders uit die hem wilden opslokken.” Dat deed hij in het collegejaar 1964-1965 ook als rector magnificus van de universiteit, aanwezig voor iedereen, van hoog tot laag.

Hoeveel genoegen het hem gaf om er van tijd tot tijd op uit te gaan, laat het boek Onderlinge Verstandhouding (1955) zien. Dit bevat de neerslag van de tournee, die Van Duinkerken in februari 1949 ondernam in Vlaanderen, samen met de katholieke dichters Gabriël Smit en Michel van der Plas. De laatste heeft beschreven hoe hij en Smit zich naast Van Duinkerken voelden als de subdiaken en diaken die de celebrant omringden. Naar aanleiding van dat beeld noemde Van Duinkerkens Nijmeegse collega, Karel Meeuwesse, hem “de hogepriester van de stam- en taalondeelbaarheid der Nederlanden.”

Hij toonde zich niettemin volwaardig Nijmegenaar, hield de Gemeenschap Beeldende Kunstenaars Nijmegen voor dat de stichting van een nationaal cultuurfonds noodzakelijk was, en deed voor Gelderse notabelen uit de doeken hoe het middelnederlandse mirakelspel Mariken van Nieumeghen gesitueerd diende te worden tussen de Latijnse School en het Stadhuis van Nijmegen. Die lezing zou deel uitmaken van zijn laatste boek, dat als Nijmeegse Colleges kort voor zijn dood, in 1967, zijn voornaamste wetenschappelijke verkenningen bevatte. In het Brabantse Hilvarenbeek werd hem daarvoor in 1968 de prijs van de Groot-Kempische Cultuurdagen toegekend.

Intussen raakte hem in het huiselijk leven slag op slag. Zijn vrouw Nini moest meerdere malen worden opgenomen om een psychische inzinking te boven te komen. Zelf moest hij vanaf begin jaren ’60 waken tegen trombose. In 1967 openbaarde zich bij zijn zoon Gustave, als kunstenaar met een werkbeurs in New York, een hersentumor, die inoperabel bleek. Hij keerde met zijn gezin terug naar Nijmegen en stierf op 4 augustus in het Radboudziekenhuis. Zijn vader werd er ruim een maand later geopereerd aan een kwaadaardig carcinoom. Eenmaal weer thuis, probeerde Van Duinkerken zijn normale leven met publieke optredens weer op te vatten, maar volgens getuigen werd dat een deerniswekkend schouwspel. Tussen verblijven in het ziekenhuis door bezocht hij voor het laatst Vlaanderen. Acht weken duurde vanaf 22 mei 1968 zijn ziekbed. Het werd zijn sterfbed. Velen kwamen afscheid van hem nemen. Velen hebben na zijn dood getuigd van hun genegenheid en bewondering. Hij kreeg een mis met drie heren in zijn parochiekerk aan het Mariaplein. Daar las zijn oudste zoon Toon een gedeelte voor uit Verscheurde christenheid. Willem Asselbergs werd op Jonkerbosch begraven naast zijn zoon Gustave.