In Zutphen woonde en werkte Clara Engelen bijna vijftig jaar lang, van 1888 tot in 1937. De stad telde rond 1900 ongeveer 18.000 inwoners. Er heerste een groot historisch besef en een gunstig cultureel klimaat. Er waren duidelijk verschillende standen, die ieder afzonderlijk beroepsgroepen vertegenwoordigden. De belangrijkste waren die van de militairen, die van het – vooral middelbaar – onderwijs, en die van de rechterlijke macht. Engelens vader was een van de belangrijkste representanten van deze laatste categorie, als rechter bij de arrondissementsrechtbank sinds 1888 en vanaf 1897 tot aan zijn overlijden als president ervan. Bovendien was hij 25 jaar lang lid van de gemeenteraad. Als zodanig vervulde hij tal van bestuursfuncties. Inzet voor het algemeen belang kreeg Clara Engelen dus van huis uit mee.

Zij bezocht lagere scholen in Leeuwarden, Almelo en Zutphen en de middelbare school in Zutphen. Vervolgens ging zij naar de Kunstnijverheid-, Vak- en Tekenschool in Zutphen, die in 1901 onder voorzitterschap van haar vader was opgericht door de Gelderse Vereniging voor Kunstnijverheid. Vanaf 1902 gaf zij er gedurende enkele jaren zelf lessen kunstgeschiedenis en kunstbeschouwing aan meisjesleerlingen. Blijkbaar had zij toch behoefte aan een betere fundering van haar kunsthistorische kennis, want in 1907 ging zij als toehoorder aan de Rijksuniversiteit van Utrecht colleges lopen bij de zojuist aangestelde eerste voltijdse hoogleraar kunstgeschiedenis in ons land, professor dr. Willem Vogelsang. Zijn colleges droegen als bijvak voornamelijk bij tot een meer algemene culturele vorming. Pas bij de wijziging van het Academisch Statuut in 1921 werd kunstgeschiedenis een volwaardige doctoraal opleiding. Clara Engelen behoorde tot de eerste lichting studentes die een latere kunsthistorische loopbaan ambieerden. Zij werd als kunsthistorica vooral gevormd door de praktijk.

In 1908 werd zij door de vereniging Zutphen Vooruit benoemd tot lid van de Museumcommissie en vervolgens tot secretaris en penningmeester. Per 1 januari 1910 volgde zij museumconservator J. Gimberg op, die zijn taak bij de Oudheidkamer van Zutphen en de Graafschap had verricht naast zijn baan als stadsarchivaris. De oudheidkamer was in 1903 officieel geopend en gehuisvest op de bovenverdieping van het Wijnhuis. De collectie bestond voornamelijk uit historische voorwerpen afkomstig uit Zutphen en omgeving. De belangrijkste verzamelingen betroffen de archeologie, topografie, munten en zilver. Van meet af aan organiseerde Gimberg naast de vaste opstelling ook wisseltentoonstellingen, waarvoor grote publieke belangstelling bestond. Een proef met gratis toegang in het weekend moest hij zelfs voortijdig stoppen, omdat er zo veel mensen op af kwamen, dat het onmogelijk werd om toezicht te houden. Engelen trof dus een goed geoutilleerde en verzorgde collectie aan. Zij zette het beleid van wisseltentoonstellingen van haar voorganger voort en organiseerde er soms wel tien per jaar. De nadruk legde zij op historische thema’s van de stad en regio, maar daarnaast schonk zij ook aandacht aan oude en moderne beeldende kunst. Zij zocht hiervoor meestal samenwerking met instellingen en particulieren, zoals reeds in 1915 met Jo van Gogh-Bonger voor een keuze van zo’n tachtig aquarellen, etsen en tekeningen uit de nalatenschap van Vincent van Gogh. Vanaf 1912 werd zij bij haar werkzaamheden geassisteerd door de in Groenlo geboren Wilhelmina van Alphen. Toen in 1919 de benedenverdieping van het Wijnhuis leeg kwam te staan, hadden Engelen en Van Alphen hun plannen rond om de collectie in het gehele Wijnhuis te exposeren. Helaas zorgde in 1920 een uitslaande brand in een belendend perceel voor veel schade aan museumpand en collectie. Pas in 1924 volgde de heropening, waarbij de nieuwe opstelling bekostigd was uit de assurantiegelden. Aangezien de collectie in de ruimere huisvesting meer tot zijn recht kwam, werd de naam van oudheidkamer gewijzigd in Stedelijk Museum van Zutphen en de Graafschap.

Engelen publiceerde in 1916 en 1932 een bestandscatalogus. Hoewel zij geen spectaculaire aankopen deed, vulde zij haar collecties dusdanig aan, dat deze in 1932 reeds verviervoudigd waren. Zij schreef catalogi bij sommige specifiek Zutphense exposities, zoals bij de prenten en historische voorwerpen uit de 18de en het begin van de 19de eeuw (1913), oud zilver (1928), zegels en zegelstempels (1932), gestichten en stichtingen (1933) en stadsgezichten uit het begin van de 19de eeuw (1935). De meest belangwekkende expositie was die over Zutphens zilver. Engelen organiseerde deze tentoonstelling bij het 25-jarig bestaan van het museum. Zij verrichtte ervoor veel onderzoek, en met hulp van de zilverexpert Elias Voet jr. slaagde zij erin 150 stuks zilver met Zutphens keur te traceren. Veelal waren dit 17de- en 18de-eeuwse siervoorwerpen, kerkzilver en gemeentezilver. Zij legde met deze tentoonstelling en bijbehorende publicatie de basis voor onderzoek van haar opvolgers. Dankzij al haar inspanningen schommelde het jaarlijkse museumbezoek tussen de twee- en de drieduizend bezoekers. Uit hoofde van haar functie vertegenwoordigde Engelen haar museum bij tal van Gelderse verenigingen. Reeds in 1912 was zij als zodanig aanwezig bij de oprichtingsvergadering van de Vereniging Het Nederlands Openluchtmuseum in Musis Sacrum te Arnhem. In 1930 trad zij toe tot de opgerichte Stichting tot bescherming van Praehistorische Cultuurmonumenten in Gelderland.

Engelen was ook zeer betrokken bij de Nederlandse Oudheidkundige Bond. Deze was in 1898 opgericht als brancheorganisatie voor musea, archieven, monumenten en archeologie, en spande zich zeer in voor de professionalisering ervan. In 1903 werd de algemene ledenvergadering in Zutphen gehouden ter gelegenheid van de officiële opening van de toenmalige oudheidkamer. Toen Engelen in 1909 aangesteld werd als secretaresse/penningmeester van de Museumcommissie, kon zij beroepshalve lid worden van de Bond. Sedertdien volgde zij de ontwikkelingen op de voet door op bijna alle vergaderingen en excursies aanwezig te zijn. Daar kwam zij in contact met de museumdirecteuren van het eerste uur. Ook vrouwen namen uit hoofde van hun functies plaats in deze open en actieve organisatie. De museumsector was van begin af aan voor hen toegankelijk, vanwege de beschutte, culturele omgeving en werkzaamheden die veelal pasten bij hun ‘natuurlijke’ geaardheid. Over het algemeen was de salariëring laag, wat weinig concurrentie met mannen opleverde. Ook voor Engelen gold dit, want zij ontving al die jaren hetzelfde bedrag dat haar voorganger voor zijn inspanningen naast zijn werk als stadsarchivaris had gekregen, namelijk vijftig gulden. Engelens assistente verrichtte haar werkzaamheden zelfs gratis!

In de jaren tussen 1925 en 1939 bekleedde Engelen het redactielidmaatschap van het bulletin van de Bond. In haar vaste rubriek ‘Musea’ compileerde zij vermeldenswaardige zaken uit de museumwereld. In twee artikelen behandelde zij bovendien de problematiek van de kleine musea. Daarin vond zij ook voor vrouwen een leidinggevende rol weggelegd: “In een klein museum moet men dikwijls zelf de handen uitsteken, men moet spijkers kunnen inslaan, planken bekleeden, zilver poetsen, kisten openmaken of inpakken, men moet ook ‘huishouding’ kunnen doen, dat wil zeggen bij tijd en wijle nagaan of alles netjes onderhouden is en of er niets stuk dreigt te gaan, men moet er ook genoegen in vinden kasten te arrangeeren en eens meubels te verzetten. Misschien is daarom juist een vrouw bijzonder geschikt voor dit klein bedrijf.” Daarnaast schreef zij artikelen die voornamelijk betrekking hadden op de stad Zutphen en haar museum. Ook verzorgde zij boekrecensies, zoals zij al eerder voor Elsevier’s Geïllustreerd Maandschrift had gedaan. Deze besprekingen, die zij ondertekende met haar initialen C.E., betroffen vooral kunsthistorische handboeken en publicaties over kostuumhistorische onderwerpen. Daarin kon zij haar kennis op dat gebied, eerder opgedaan tijdens haar opleiding aan de Kunstnijverheid-, Vak- en Tekenschool, ruimschoots etaleren. Met het andere vrouwelijke redactielid, Elisabeth Neurdenburg, die lector was en later hoogleraar kunstgeschiedenis aan de Rijksuniversiteit van Groningen, trok zij veel op en maakte zij veel buitenlandse reizen. Medio 1937 nam zij in Zutphen afscheid van het museum en verhuisde naar Den Haag. Daar trouwde zij in 1939. Haar huwelijk betekende bovendien het einde van haar activiteiten voor de Bond. Aangezien haar inspanningen voor de Bond niet in de annalen werden vastgelegd, zijn deze snel vergeten.

In Zutphen is zij daarentegen wel met respect in de geschiedschrijving van haar museum opgenomen. Voor haar inspanningen werd zij reeds in 1928 bij de opening van de tentoonstelling Oud-Zilver onderscheiden met de zilveren penning van de Gemeente Zutphen. Bij haar afscheid op 1 juli 1937 werd haar de museummedaille van het Rijk opgespeld. Daarmee werd zij bedankt voor “[...] alles wat zij gedurende de zevenentwintig jaren van haar beheer over het museum tot stand heeft gebracht: voor den nooit verflauwende ijver, waarmede zij ook naar buiten, de belangen van het museum heeft behartigd en voor de wijze, waarop zij het museum een goede reputatie in ons land heeft weten te geven.”