Zijn jeugd bracht Aeneas door in Den Haag en Rotterdam, waar hij respectievelijk het Gymnasium Haganum en het Erasmianum bezocht. Zijn vader, aanvankelijk zeeofficier bij de Nederlandse Marine, was in laatstgenoemde stad directeur van het postkantoor. In 1823 werd Aeneas student in de rechten te Utrecht. Hij promoveerde 16 december 1829 aldaar op een proefschrift over de Triple Alliantie van 1668, bij professor Enschut. Hij werd lid van het studentencorps en van het letterkundig gezelschap Utile Dulci en verwierf een uitgebreide vriendenkring. Tijdens een van de studentendebatten verdedigde hij Da Costa’s Bezwaren tegen de geest der eeuw. Deze aanklacht tegen het liberalisme en het verval van het christendom vond echter weinig gehoor in studentenkringen.

Na zijn promotie vestigde Mackay zich als advocaat in Den Haag, welke loopbaan van 1830 tot 1832 werd onderbroken doordat hij als tweede luitenant bij de Zuid-Hollandse schutterij onder andere deelnam aan de Tiendaagse veldtocht tegen de Belgen. Een van de schuttersliederen die hij schreef, luidt: “’t Zijn moedige schutters, die Neerland bewaken die altijd zoo goedig, geduldig en koen als Belgen het wagen oud Neerland te naken vereend met het leger, nog wonderen doen Ioho trallala enz.” Na de demobilisatie werd Mackay in 1833 advocaat bij het gerechtshof in Den Haag. In 1835 volgde zijn aanstelling aan het hof. Hij werd kamerheer van de prins en prinses van Oranje, en toen de kroonprins in 1840 zijn vader opvolgde als koning Willem II, bleef hij alleen kamerheer van koningin Anna Paulowna. Na de aanvankelijk goede verstandhouding leidden enige irritaties tussen beiden ertoe dat Mackay in 1846 zijn ontslag indiende. Hij werd daarop benoemd tot kamerheer in buitengewone dienst. Daarnaast was hij van 1840 tot 1850 ambtenaar bij de Raad van State en vanaf 1843 gecommitteerde van de regering bij de Maatschappij van Weldadigheid. Ook werd hij in dat jaar beschreven in de ridderschap van Zuid-Holland, waardoor hij in 1846 zitting kreeg in de Provinciale Staten. Dit college koos hem in 1848 tot lid van de Tweede Kamer, waar hij de enige antirevolutionair was. Deze situatie zou echter spoedig veranderen.

De reeds tijdens zijn studententijd aanwezige politieke belangstelling leidde hier tot de start van een politieke loopbaan. Hoewel de rechtstreekse verkiezingen na de grondwetsherziening van 1848 hem aanvankelijk niet in de Tweede Kamer terugbrachten, werd hij van 1850 tot 1862 voortdurend door het kiesdistrict Arnhem afgevaardigd. In de Kamer vond hij als politieke geestverwanten naast zich Mr.W. baron van Lijnden en G. Groen van Prinsterer. Deze laatste was de centrale figuur van de Reveilkring, waartoe ook Mackay als zijn vriend en geestverwant behoorde. Zo ligt de betekenis van Mackay niet alleen op politiek maar ook op godsdienstig terrein. Hij zette zich bijzonder in voor het christelijk onderwijs en bemoeide zich intensief met armenzorg, die hij in de eerste plaats een zaak van de kerk vond.

Ondanks zijn beginselvaste antirevolutionaire gedachtegoed dat zich richtte tegen de liberale beginselen, kon hij goed met Thorbecke overweg. Zij kwamen bij elkaar aan huis tijdens diners; tafelschikking en menukaarten bevinden zich in het ruim dertig meter lange archief Mackay in het Nationaal Archief. Voor de liberalen was Mackay niet onacceptabel. Het was op voordracht van Thorbecke dat Mackay in 1862 werd benoemd tot vice-president van de Raad van State, een functie die hij tot zijn dood zou vervullen. Het betekende het einde van zijn lidmaatschap van de Tweede Kamer, waarin hij zojuist was herkozen. Exemplarisch voor Mackays gematigde opstelling was ook zijn houding ten opzichte van de Aprilbeweging van 1853. Uit zijn dagboek van vrijdag 22 april 1853 valt te noteren: “... want van verschillende zijden worden wij om raad gevraagd en men is heftig anti-Roomsch en wij zijn meer anti-revolutionair”.

Mackay’s nationale betekenis mag na het bovenstaande duidelijk zijn. Zijn betekenis voor Gelderland ligt vooral in Ophemert. Hadden zijn voorvaderen rond Nijmegen een grote hoeveelheid landerijen, het was Aeneas’ vader die in 1844 door zijn nicht Margaretha Anna van Haeften werd gelegateerd met de heerlijkheid Ophemert, inclusief kasteel, en Zennewijnen. Toen zijn vader in 1854 overleed erfde Aeneas deze heerlijkheden, waaraan hij reeds sterk gehecht was geraakt. Dat de heerlijke rechten waren afgeschaft, weerhield hem er niet van zich verantwoordelijk te voelen voor de gang van zaken in beide dorpen. Bijna al zijn vrije tijd bracht hij door op het kasteel, en als zijn werkzaamheden hem weer naar Den Haag riepen, liet hij zich via brieven van onder anderen de burgemeester, de dominee en de schoolmeester op de hoogte houden van het wel en wee in de dorpen. Uit zijn omvangrijke dagboekaantekeningen en correspondentie blijkt zijn grote betrokkenheid en ook zijn daadwerkelijke financiële ondersteuning. Als voorzitter van het college van kerkhoofden was hij ook op lokaal niveau sterk betrokken bij onderwijs en armenzorg.

Evenals zijn vader was Aeneas Mackay een warm voorstander van ‘de verheffing van het levenspeil’ van de inwoners van zijn heerlijkheid. Vanuit zijn antirevolutionair gedachtegoed was hij uiteraard pleitbezorger van bijzonder onderwijs en zo kon Mackay hier in het klein zijn christelijke idealen gestalte geven. De financiering van een nieuw gebouw in 1864 voor de reeds in 1845 opgerichte naaischool was dan ook een van de vele voorbeelden van zijn daadwerkelijke betrokkenheid. In 1867 achtten Mackay en de toenmalige predikant Romijn de tijd rijp voor de vorming van een aparte breischool, bedoeld voor de allerjongsten. De eerste verzuimde niet zich persoonlijk van de schoolprestaties op de hoogte te stellen. Omdat de activiteiten van beide scholen in elkaars verlengde lagen en zij inmiddels werkopdrachten uit stad en land ontvingen, werden beide scholen in 1873 samengevoegd in alweer een nieuw gebouw. De tekeningen voor deze nieuwbouw evenals leerlingenlijsten van de scholen bevinden zich in Mackay’s persoonlijk archief. Als vormingsinstituut heeft de school tot in de jaren ’50 van de 20ste eeuw een onuitwisbare rol gespeeld in de geschiedenis van Ophemert en Zennewijnen. Mackay was ook stichter en beschermheer van de zondagschool (1861), de Vereniging voor In- en Uitwendige Zending en de Christelijke Jongelingsvereniging (1864) en de Christelijke Knapenvereniging (1875). Bovendien hield hij zelf regelmatig zondagschool. Ook richtte hij zich per brief tot de kinderen van de naai- en de zondagschool. Deze brieven liet hij drukken om zo de verspreiding te bevorderen. Hij ondertekende met “een inwoner van Ophemert.”

Mackay was dus niet zomaar een stadsedelman met een dorpsheerlijkheid als verlengstuk van zijn aanzien. Dit bleek ook op het terrein van de armenzorg. Als het echtpaar Mackay op armenbezoek ging deden ze dat in een speciaal hiervoor aangeschaft wagentje met twee ezels ervoor, in plaats van hun rijtuig met paarden te gebruiken. Nu nog spreekt men in Ophemert van het ezelweitje, waar beide dieren graasden. Alvorens naar Den Haag terug te keren, gaven zij de armen de gelegenheid op het kasteel te komen halen wat men nodig had. Nog lang na zijn overlijden leefde hier de herinnering voort aan al het goede dat Aeneas Mackay samen met zijn vrouw tot stand had gebracht. Na zijn overlijden te Den Haag op 8 maart 1876 werd hij in Ophemert begraven in het familiegraf naast de kerk. Helaas is deze grafkelder tijdens de Tweede Wereldoorlog door een bom onder het puin bedolven.