Uit de berichten na Boerbooms’ overlijden blijkt dat hij werd beschouwd als een bezielde architect met een grote liefde voor zijn vak. Men kende hem als een “eenigszins eenzelvig mensch, die den omgang met vakgenooten niet zocht.” Bovendien: “Hoewel velen in opvatting met Boerbooms verschilden, respecteerde ieder in hem den eerlijken collega.” J.W. Boerbooms schiep een groot aantal gebouwen, vooral in het oosten van het land. Het katholieke netwerk van pastoors, regenten en notabelen vormde het kader waarbinnen veel werken tot stand kwamen. Behalve kerkelijk werk ontwierp hij ook profane gebouwen. Boerbooms’ vorming werd vooral bepaald door de periode dat hij werkzaam was op het architectenbureau van P.J.H. Cuypers (1827-1921) in Amsterdam. Net als bij deze bouwmeester speelden ook bij Boerbooms de ideeën van de Franse architectuurtheoreticus E.E. Viollet-leDuc (1814-1879) een grote rol. Daarnaast werd Boerbooms’ architectuuropvatting bepaald door het gedachtegoed van het Utrechtse St.-Bernulphusgilde, het toonaangevende genootschap van kunstenaars en architecten op kerkelijk gebied.

J.W. Boerbooms kreeg zijn opleiding allereerst van zijn vader in Arnhem. Alhoewel de werkplaats in de bronnen wordt vermeld als een timmerwinkel, moet Boerbooms’ vader ook worden gezien als architect; de beroepen timmerman en aannemer-architect golden vaak als identiek. Boerbooms kreeg bovendien les van W. Kleijn, een in zijn tijd vrij bekende Arnhemse bouwmeester. Hierna kwam hij terecht bij P.J.H. Cuypers, onder wiens leiding hij opzichter was bij de bouw van een kerk met klooster in Brussel (18681872). Omstreeks 1873 vestigde J.W. Boerbooms zich als zelfstandig architect in Arnhem. Hier woonde en werkte hij in zijn geboortehuis aan de Korenmarkt 16, waar ook zijn ouders woonden.

Tekenend voor Boerbooms’ passie voor de bouwkunst is dat hij als jongen al werd gefascineerd door historische bouwfragmenten. Dit blijkt uit een notitie uit 1888, waarin hij schreef zich te kunnen herinneren dat tijdens een door zijn vader uitgevoerde verbouwing achter de lutherse kerk (Korenmarkt) diepliggende gangen en oude straatniveaus waren aangetroffen. Boerbooms bezat toen nog steeds de romaanse dakpannen die hij destijds had gevonden. Archeologische interesse vormde een wezenlijk aandeel in zijn bestudering van de bouwkunst uit het verleden.

Zijn gedrevenheid om waardevolle nieuwe architectuur te scheppen beperkte zich niet tot bouwopdrachten, maar kwam ook tot uiting in het onderricht aan toekomstige ambachtslieden. Boerbooms was leraar lijntekenen aan de Gemeente Avondschool voor Handwerkslieden. Met anderen bereidde hij ambachtswedstrijden voor. Bij zijn begrafenis werd onder meer namens de Arnhemse St.-Jozefs Gezellenvereniging gesproken, de belangenorganisatie voor timmerlieden. Van de Maatschappij tot Bevordering der Bouwkunst, die erop was gericht om door architectenbijeenkomsten ideeënuitwisseling te laten plaatsvinden, was Boerbooms een enthousiast lid. Enige jaren was hij voorzitter van de afdeling Arnhem. Zoals blijkt uit zijn voordrachten bij de Maatschappij en excursiedeelnames, zijn literatuurkeuzes, zijn opmetingen van historische gebouwen, enzovoort, uitte zijn studiedrang zich zowel in theorie als praktijk. Zijn katholieke engagement kwam onder meer tot uiting in het lidmaatschap van het zangkoor van de (kleine) St.-Eusebiuskerk. Waarschijnlijk was Boerbooms ook lid van de St.-Vincentiusvereniging; leden hiervan droegen hem ten grave (ook zijn vader was Vincentiaan geweest).

Helaas is het moeilijk om een helder overzicht te krijgen van Boerbooms’ oeuvre. Na zijn vroegtijdige overlijden raakten bouwtekeningen verspreid over de architectenbureaus die de lopende projecten overnamen. Veel gebouwen die Boerbooms ontwierp, gingen door oorlogsgeweld of sloop verloren. Tot zijn vroege opdrachten behoren de ontwerpen voor een villa, en een stal en koetshuis met koetsierswoning in Arnhem (1874-1875). Het gaat hier om gebouwen waarin de architect nog zoekt naar een eigen stijl. Enerzijds is zijn nadruk op baksteengebruik al zichtbaar, anderzijds is nog een oriëntatie op het Eclecticisme te zien. Voor de hiernavolgende jaren is er een hiaat in de lijst van bekende werken. In 1882 duikt Boerbooms’ naam weer op. In dat jaar verbouwde hij het huis Kostverloren in Elst. Een jaar later kreeg hij zijn eerste opdracht als kerkenbouwer, voor de O.L.Vrouwe Visitatie in Velp, die in 1885 werd voltooid. Men gaf hem de voorkeur boven kerkenbouwers met een gevestigde naam, zoals A. Tepe en Gerard te Riele. Vanaf 1885 zijn steeds meer opdrachten te traceren. Zo bouwde Boerbooms in dat jaar een school voor het Insula Dei-gesticht in Arnhem ( Jansstraat, gesloopt in 1961). Deze katholieke instelling, die zich richtte op onderwijs, bejaarden- en wezenzorg, werd een van Boerbooms’ belangrijkste opdrachtgevers. Tot aan zijn dood bouwde hij diverse scholen voor dit gesticht, alsook de kapel van het klooster aan het Walburgisplein (1891-1892). Slechts de achtervleugel (1894) van de school aan de Weverstraat bleef behouden.

Behalve de kerk in Velp en de kapel van Insula Dei ontwierp Boerbooms ook de volgende kerken en kapellen: een kerkhofkapel te Sneek (St.-Martinuskerkhof, 1892), de H.H. Petrus en Pauluskerk in Goor (1893-1894), de St.-Willibrordus in Vilsteren (18961897), het schip van de Apeldoornse Mariakerk (18971898), de kapel van het St.-Claraklooster te Silvolde (1899, gesloopt 1983), en de H. Werenfriduskerk in Zieuwent (1898-1899). Van de kapel van het St.-Elisabeths Gasthuis in Arnhem realiseerde Boerbooms de onderbouw in 1897. Pas na zijn dood werd hierboven de kapel zelf naar diens plannen gebouwd (19041906). Boerbooms’ ontwerp voor de Sneeker kerkhofkapel zal hebben samengehangen met de familieachtergrond van zijn vrouw, die uit Sneek afkomstig was. Bij de opdracht voor de Vilsterense kerk was de inbreng van Willem Cremers, eigenaar van het landgoed waarop het godshuis werd gebouwd, doorslaggevend. Deze vice-president van het Arnhemse gerechtshof was een regent van genoemd St.-Elisabeths Gasthuis, waarvan J.W. Boerbooms de vaste architect was. Beiden kregen ook met elkaar te maken door hun activiteiten voor de St.-Jozefs Gezellenvereniging. Bij de keuze voor Boerbooms als ontwerper van de kerk van Zieuwent speelde behalve zijn inmiddels gerenommeerde positie waarschijnlijk ook bankier Louis Sprenger uit Arnhem een grote rol. Zowel van de bedoelde parochie als van het Arnhemse St.-Elisabeths Gasthuis behartigde hij de financiën.

Dit gasthuis (1893-1895) is een van de bekendste scheppingen van Boerbooms. Het werd beoordeeld als een modelhospitaal, en was voorzien van de modernste vormen van ventilatie, verwarming, enzovoort. De neo-renaissancevormgeving weerspiegelt Boerbooms’ architectuurideeën; zijn kennis van voorbeelden uit het verleden vertaalde hij in nieuwe gebouwen. In enkele details toont het St.-Elisabeths Gasthuis invloed van de Nederrijns-gotische bouwkunst, die vooral in Boerbooms’ kerkelijke werk een grote rol speelde. Net als in de baksteenbenadrukking sloot hij daarmee aan bij het Utrechtse St.-Bernulphusgilde. Het vermoeden bestaat dat Boerbooms meermalen samenwerkte met de belangrijkste vertegenwoordiger van dit gilde, architect A. Tepe (18401920). Zo is bekend dat hij bij Tepes St.-Jan de Doperkerk in Arnhem (1894-1895) een pastorie bouwde.

Boerbooms’ profane werken betreffen onder meer herenhuizen, pak- en winkelhuizen. Het baksteengebruik verraadt ook hier zijn voorkeur voor het ambachtelijke, een aspect dat overigens ook geldt voor de siersmeeddetails binnen zijn ontwerpen. Zijn restauratieprojecten boden hem de kans om waardevolle bouwkunst uit het verleden te behouden, zoals de hervormde kerken van Rheden en Aalten, en de Grote of Eusebiuskerk in Arnhem. Ten slotte moet nog worden gewezen op zijn ontwerpen voor grafmonumenten, kerkbanken en zelfs een doopvont. Zoals collega A.R. Freem het verwoordde na Boerbooms’ overlijden: “Elk onderwerp, hem gegeven, bestudeerde hij met liefde en toewijding tot in de kleinste details, en met den practischen blik, hem eigen, werden de details serieus verzorgd.” Dat Boerbooms zich hierbij niet liet afleiden door ontwikkelingen die haaks stonden op zijn overtuiging, blijkt uit het volgende: “Geen oogenblik, geen enkelen trek zijner teekenpen heeft hij geofferd aan den waan van den dag, aan wat hij, met zijn ontwikkeld kunstenaarsoog en degelijke vorming als wansmaak, als strijdig met de strenge eischen zijner hooge meesteres, de kunst, veroordeelde.”