Toen Jan Kneppelhout ruim vier jaar oud was, overleed zijn vader. Zijn moeder bleef achter met drie kleine kinderen: Jan, zuster Geertruida Cornelia (18171819) en broer Karel Jan Frederik Cornelis (18181885). De jonge weduwe werd bij de opvoeding van haar kinderen bijgestaan door haar broer Nicolaas Cornelis de Gijselaar, befaamd kunstkenner en -verzamelaar, aan wie Kneppelhout naar eigen zeggen “het weinige, dat ik van kunst weet, en zooveel meer nog” te danken had. Van groot belang voor de vorming van zijn karakter, opvattingen en smaak was ook Petrus de Raadt, oprichter en directeur van Instituut Noorthey, de beroemde kostschool voor jongens van goeden huize te Voorschoten, waar Kneppelhout gedurende de jaren 1825-1831 verbleef. De Raadt stimuleerde zijn pupil tot het schrijven en publiceren van Franse opstellen – in 1832 in eigen beheer uitgegeven onder de titel Mes loisirs – en drukte zijn stempel op diens latere opvoedkundige ideeën. Kneppelhouts ideaal – uiteengezet in het essay L’Éducation par l’amitié (’s-Gravenhage 1835) – was dat jongens een volwassen vriend zouden hebben om hen te leiden en te steunen in hun ontwikkeling. Zelf eenmaal volwassen, heeft hij dit ideaal meermalen in praktijk trachten te brengen door armlastige begaafde jonge mannen kansen tot ontplooiing te bieden.

Op 24 juni 1831 liet Kneppelhout zich inschrijven als student rechten aan de universiteit van Leiden. De studie boeide hem echter maar matig. Dit, gevoegd bij zijn broze gezondheid (Kneppelhout leed in die jaren aan keeltering) én het familiefortuin waardoor hij zich niet hoefde te bekommeren om een titel of maatschappelijke positie, maakte dat hij alleen voor zijn plezier studeerde. Zijn werkelijke belangstelling ging uit naar de schone letteren. Hij sloot zich aan bij een selecte groep ‘student-auteurs’, die elkaar gevonden hadden in hun voorliefde voor de toen in Nederland nog omstreden buitenlandse romantiek (Byron en Victor Hugo), en schreef, in het Frans, romantische schetsen en verhalen, die hij ter plaatsing aanbood aan enkele gezaghebbende Franse tijdschriften. Tot zijn grote teleurstelling werden zijn stukken afgewezen, als zijnde “écrits dans un style trop étranger”. Later bundelde Kneppelhout zijn Franse jeugdwerk alsnog, onder de titel Opuscules de jeunesse (2 dln., Leiden 1848).

Kneppelhout zag in dat hij het roer om moest gooien. Hij verruilde het Frans voor zijn moedertaal en sloot zich aan bij het literaire realisme van zijn dagen. In 1839 begon hij aan het werk dat hem, onder de naam Klikspaan, een plek in de literaire canon zou bezorgen, de Studentenschetsen (Leiden 1839-1844). In dit driedelige werk (Studenten-Typen, Studentenleven en De studenten en hun bijloop) beschreef hij met fotografische precisie en kritische blik het dagelijks leven van de Leidse student anno 1830-1840, gelardeerd met veel humor. Het is een voorbeeld van wat Potgieter de “kopijeerlust van het dagelijksche leven” noemde, maar onderscheidde zich daarvan in positieve zin, aldus diezelfde criticus, vanwege de idealistische strekking.

Op 15 mei 1845 trouwde Kneppelhout met zijn achternicht Ursula Martha van Braam (1825-1919). Het echtpaar, dat kinderloos zou blijven, verbleef aanvankelijk veel in het buitenland, maar betrok later een pand aan het Leidse Rapenburg. In 1847 kocht Kneppelhout voor de somma van ƒ 125.000,– het landgoed De Hemelsche Berg bij Oosterbeek, een uitgestrekt, heuvelachtig en bebost terrein, met een hoofdhuis en enkele bijgebouwen. Dat hij juist hier een buiten kocht, was geen toeval: hij kende de streek van vroegere logeerpartijen en vooral Oosterbeek, in die jaren de verblijfplaats van de ‘Veluwse schildersbent’, riep warme herinneringen bij hem op. “J’aimerais te voir à Oosterbeek”, schreef hij in 1834 aan een vriend, “une personne que j’aime foulerait une terre que j’aime, une terre où ont germé mes plus douces, mes plus chères pensées, où j’ai vécu si heureux, où j’ai été bon si souvent ...”

Naar de getuigenis van een tijdgenoot heeft Kneppelhout “zoowel het park als het huis van ‘de Hemelsche Berg’ tot een der bekoorlijkste plekjes van Arnhem’s omstreken gemaakt”. Zo liet hij in 1858 het uit de 18de eeuw stammende hoofdhuis vrijwel volledig slopen om er een wit kasteeltje voor in de plaats te laten bouwen. Aan het interieur werd veel zorg besteed: “Er waren”, aldus een latere bewoonster, “oude betimmeringen met mooie stillevens boven de deuren en schoorstenen, veel open haarden met impozante marmeren schoorstenen in Louis XV-stijl. De twee ontvangsalons waren geheel in de kleuren lila, wit en goud gehouden: een lila Deventer tapijt en lila zijden gordijnen, beide met ingeweven motieven, witte Louis XV stoeltjes met opnieuw lila zijden bekleding, het behang van wit met goud leder. In de grote ontvangsalon was een gekleurd plafond van de 18e-eeuwse decoratieschilder Jacob de Wit, engelen en muzen, met in het midden een engeltje dat een boekje in de hand hield waarop de naam van de schilder vermeld stond. In het midden van het huis lag de eetzaal, met drie ramen die uitkwamen op een lang balkon en uitzicht gaven over de wei voor het huis, waarin koeien graasden, een Zwitserse koeiebel om hun nek.” Het park in Engelse landschapsstijl, met onder meer een fraaie zwanenen eendenvijver, was aangelegd door de Amsterdamse tuinarchitect Henri Copijn. Aanvankelijk diende het buiten alleen als zomerverblijf, vanaf 1867 verbleef het echtpaar er, afgezien van zijn vele buitenlandse reizen, permanent. In 1944, bij de slag om Arnhem, is Kneppelhouts kasteeltje volledig verwoest. Tegenwoordig bevindt zich op die plek van het landgoed, dat net als in Kneppelhouts tijd vrij toegankelijk is, een verpleeghuis.

Kneppelhout was een aristocraat van de oude stempel, maar sympathiseerde met het gedachtegoed van de vooruitstrevende liberale partij van Thorbecke. De normen en vormen van de adel en aanzienlijke burgerij stelde hij op hoge prijs, maar tegelijkertijd besefte hij dat het land de talenten uit de mindere burgerij en de lagere standen niet kon missen. Deze overtuiging, in combinatie met zijn opvoedkundige opvattingen, maakte dat minderbedeelden altijd bij hem konden aankloppen. “Er ging geen dag voorbij”, aldus een artikel ter gelegenheid van Kneppelhouts overlijden, “waarop hem geen hulp gevraagd werd en hij gaf bijna altijd en mildelijk.” Zijn gulheid betrof “studenten door hem in staat gesteld hunne studien te voltooien, tooneelspelers voor wie hij het mogelijk maakte aan hunne roeping te beantwoorden; schilders in dagen van nood gesteund; ambtenaren, misschien voor misdaad behoed; kleine winkeliers van bankroet gered, ja zelfs communards op den goeden weg teruggebracht.” Zijn bekendste beschermelingen waren de Oosterbeekse schilder Gerard Bilders (1838-1865) en het muzikale wonderkind Jan de Graan (1852-1874). Uit de boeken die Kneppelhout na hun beider vroegtijdige dood liet verschijnen – in 1868 publiceerde hij een selectie uit Bilders’ brieven en dagboek en in 1875 verscheen zijn biografie van De Graan onder de titel Een beroemde knaap – valt op te maken dat de relatie tussen mecenas en protégés problematisch kon zijn. Kneppelhout was weliswaar van mening dat opvoeders met “kalmte, geduld [en] voorzichtigheid” te werk moesten gaan, maar in de praktijk liet hij zijn pupillen vaak te weinig vrijheid, hetgeen leidde tot teleurstelling aan beide kanten.

Niet alleen individuen, ook de bevolking van Oosterbeek en omstreken profiteerde meermalen van Kneppelhouts filantropische instelling. In 1856 bijvoorbeeld leverde hij een grote financiële bijdrage voor de vergroting van de Oosterbeekse dorpskerk, en tussen 1867 en 1869 liet hij de Concertzaal aan de Rozensteeg bouwen. Na zijn dood werden grond en gebouw, volgens testamentaire beschikking, geschonken aan de gemeente Renkum.

Hoewel Kneppelhout als rentenier door het leven ging, moet hij een drukbezet man zijn geweest. In de jaren 1860-1875 liet hij zijn Geschriften verschijnen, twaalf delen, met onder meer schetsen en verhalen, een groot aantal reisbeschrijvingen en enkele gedichten. Hij onderhield nauwe contacten met andere schrijvers, schilders en musici, die gastvrij – soms ook voor langere tijd achtereen – op De Hemelsche Berg ontvangen werden, en nam actief deel aan het Gelderse culturele leven: hij was (ere)lid van verschillende verenigingen, zoals de zangvereniging Oosterbeek’s Mannenkoor, de kunstvereniging Verscheidenheid en Overeenstemming te Arnhem, de Oosterbeekse Sociëteit en de Gelderse Maatschappij van Geschied- en Letterkunde. Ook vervulde hij enkele belangrijke maatschappelijke functies. Vanaf januari 1855 tot zijn dood maakte hij deel uit van de kerkvoogdij van de Hervormde Gemeente te Oosterbeek, waarvan de laatste veertien jaar als president-kerkvoogd, en vanaf juli 1862 was hij lid van de gemeenteraad van Renkum. Vanwege zijn slechte gezondheid kwam aan dit laatste per 1 september 1885 een einde. Niet lang daarna, op 8 november 1885, overleed Kneppelhout op zijn geliefde Hemelsche Berg. Op 11 november vond daar een plechtige afscheidsbijeenkomst plaats. Een grote menigte begeleidde het stoffelijk overschot vervolgens naar het station, van waaruit het werd vervoerd naar Leiden om de volgende dag te worden bijgezet in het familiegraf te Katwijk-Binnen.