In 1853 ging Ferdinand als twaalfjarige jongen naar het seminarie van de paters Jezuïeten te Culemborg. Tegen het einde van zijn studie in 1860 gaf zijn overste hem de raad naar het seminarie Rijsenburg (Driebergen) te gaan teneinde zich aan de zielzorg te wijden in het aartsbisdom Utrecht. Daar werd Hamer in 1863 tot subdiaken gewijd en in het jaar daarop tot priester.

Een in 1860 tussen China en de Europese mogendheden gesloten vredesovereenkomst heeft een rol gespeeld in het priesterleven van Ferdinand Hamer. Een van de artikelen uit het akkoord bepaalde dat missionarissen toegang zouden hebben tot het Chinese rijk om het christendom te verkondigen en dat elke Chinees het recht had deze godsdienst aan te hangen zonder daarvoor vervolgd te worden. In België bestond toentertijd bij het Genootschap der Heilige Kindsheid het plan een Nederlandse congregatie van missionarissen voor China te stichten. Dit nieuwe genootschap heette de Congregatie van het Onbevlekt Hart van Maria, beter bekend onder de naam de missiën van Scheut. De algemeen bestuurder van deze congregatie, pater T. Verbist, riep de Belgische en Nederlandse geestelijkheid op zich in te zetten voor de geloofsverkondiging in China. Hamer sloot zich bij deze jonge congregatie aan en deed er in 1865 zijn professie. Een maand later, op 25 augustus, vertrok hij met drie confraters onder leiding van pater Verbist als missionaris naar China. Op doorreis naar Marseille werd in Parijs een bezoek gebracht aan de relikwieënkamer van het seminarie van de buitenlandse missiën, waar herinneringen werden bewaard aan de folteringen die zoveel missionarissen in China en Korea hadden ondergaan. Daarna reisde het gezelschap naar Marseille en verder per boot via Caïro, Ceylon, Singapore en Hongkong naar Shanghai, waar men op 3 november 1865 aankwam.

Van Shanghai werd de reis voortgezet naar Mongolië, wat nog eens 2000 kilometer was. In Tientsin (Tianjin) kregen de missionarissen een paspoort met een Chinese naam. Pater Hamer kreeg de naam HanMouo-Li; het eerste gedeelte was de familienaam en de laatste twee lettergrepen betekenden ‘beoefenaar der wetenschap’. Het laatste traject van Peking naar Siwan-tze, het einddoel, was het zwaarste. Deze zogenaamde keizerlijke weg was duizend jaar geleden aangelegd en bestond uit grote naast elkaar geplaatste moeilijk begaanbare rotsblokken. Op 6 december arriveerde het gezelschap in Si-wan-tze. Paus Pius IX had Mongolië als missiegebied aan de Congregatie van Scheut toegewezen. Vier onervaren missionarissen in een uitgestrekt land met een oppervlakte van meer dan honderd maal Nederland en met grote klimatologische verschillen. Het zuidoostelijke gedeelte werd bewoond door Chinezen, arme landbouwers verdreven uit China door hongersnood, terwijl het westen en noorden werd bewoond door Mongolen, meestal zwervende herders. De missionarissen begonnen eerst met de zielzorg onder de Chinezen en in 1870 werden de eerste stappen gedaan om ook de Mongolen te bekeren. Hamer kreeg het gebied van de Zwarte Wateren (Ghe-Schwi) als werkterrein, achttien dagreizen ten noordoosten van Si-wan-tze.

Het korte verblijf in Si-wan-tze besteedde Hamer aan het leren van de taal. Hij oefende zich tevens in het paardrijden en in de Chinese gebruiken, zoals het roken van de Chinese pijp. Het district van de Zwarte Wateren telde bij de komst van Hamer ongeveer zestienhonderd christenen verspreid over eenentwintig dorpen, één uitgestrekte parochie. In het centrum bevond zich de missiepost K’ou-li-t’ou, waar de missionaris van 1866 tot 1869 bleef. Zijn werk bestond uit preken in de verschillende bijposten van deze enorme parochie. Bij een kort bezoek kregen de gelovigen de gelegenheid de sacramenten te ontvangen, huwelijken werden ingezegend en er werd godsdienstonderricht gegeven. Overtuigd van het belang van goed katholiek onderwijs had Hamer in zijn parochie een jongens- en meisjesschool opgericht.

In 1869 werd de negenentwintigjarige Hamer benoemd tot provicaris en procurator in Si-wan-tze. Hij werd leider van de missionarissen en had de volle verantwoording voor de missie. Daarbij maakte hij nieuw aangekomen broeders vertrouwd met het missieleven en de gebruiken van het ‘Chinese Hemelse Rijk’. Deze functie bekleedde hij tot 1878. Intussen waren in 1870 te Tientsin de eerste onlusten begonnen. In Europa was de Frans-Duitse oorlog uitgebroken en de Chinezen begrepen dat Frankrijk, dat het beschermheerschap over de katholieke missie had, de handen vol had om zich Duitsland van het lijf te houden. Zij grepen deze gelegenheid aan om de christenen te vervolgen en stelden een manifest op dat geloofsprediking verbood. De Engelse en Duitse gezant verklaarden evenwel eensgezind dat alle Europeanen in China één familie vormden en dat iedere geweldpleging tegen een westerling, ongeacht zijn nationaliteit, streng zou worden bestraft. Deze eensgezindheid miste haar uitwerking niet: de gemoederen werden gekalmeerd en de vrede keerde weer.

Si-wan-tze werd in 1878 in beroering gebracht door een telegram waarin Paus Leo XIII Hamer benoemde tot missiebisschop van Gansu met de titel van bisschop van Tremite. Gansu is de noordwestelijke provincie van China en is qua oppervlakte gelijk aan Frankrijk. Monseigneur Hamer zag intussen de toekomst somber in. De houding van de mandarijnen in dat gebied was ronduit vijandig. Zij vonden dat de Chinezen genoeg hadden aan Confucius en geen enkele behoefte hadden aan een westerse godsdienst. Daarbij kwam dat er maar enkele christenen, geen inkomsten, geen kerken en kapellen waren, zodat de hele onderneming volgens Hamer gedoemd was om op een fiasco uit te lopen. Na jaren van tegenwerking in Gansu bespeurde de bisschop desondanks een zekere vooruitgang en kon hij melden dat hij zeven kapellen en residenties voor missionarissen had opgericht, een college had gebouwd en zestig volwassenen had kunnen dopen. Maar dit succes was van korte duur, want in 1885 brak oorlog uit tussen China en Frankrijk. Bij de Chinezen laaiden de haatgevoelens tegen de Europeanen en christenen op en de pas-bekeerden waren niet bestand tegen de vervolgingen. De oorlog duurde echter nog geen jaar en aan de vervolgingen kwam weer een einde.

In 1889 werd Hamer benoemd tot apostolisch vicaris van Ortos in het zuidwesten van Mongolië. Na tien jaar Gansu kon hij terugkijken op de stichting van zeventien missieposten, een groot- en kleinseminarie, wees- en ziekenhuizen. Het geploeter en de ontberingen van de afgelopen jaren hadden de gezondheid van Hamer echter aangetast, zijn maag weigerde alle voedsel. Na aandringen van zijn medebroeders vertrok hij in het voorjaar van 1890 voor een jaar naar zijn familie in Nijmegen, waar hij door de inwoners pontificaal werd verwelkomd. In De Gelderlander van 29 mei 1890 stond een geestdriftig verslag over Hamers verblijf in de stad. Na een geneeskundige behandeling ging de gezondheid van de monseigneur zo vooruit dat hij in maart 1891 afscheid nam van Nijmegen. Honderd dagen na het vertrek uit zijn geboortestad kwam de bisschop terug in Ortos. In de tussentijd waren er dertienhonderd personen voor de catechisatie ingeschreven en drie missieposten gesticht.

In de jaren te Ortos boekte de missionaris gestadig succes met zijn bekeringswerk, hoewel hij geregeld te maken kreeg met opstanden en vernielingen van de missiepost. Het bleef onrustig in China. In 1896 werd een geheim genootschap opgericht onder leiding van de prefect van Sjan-toeng, door de Engelsen ‘boksers’ genoemd. In het Chinees heette deze sekte ‘Tachoean’, ‘vuisten, verenigd voor de gerechtigheid’. De partij was tegen de zich steeds meer uitbreidende Westerse invloed en privileges. Dit ging gepaard met het vermoorden van zendelingen en Chinese christenen, plunderingen en het bezetten van gezantschappen. De boksers beweerden dat zij door de geesten gezonden waren om in geheel China de barbaren (de Europeanen) te vermoorden. Zij meenden dat ze onoverwinnelijk waren en dat messen noch geweerschoten hen konden verwonden. China werd het toneel van een van de bloedigste christenvervolgingen die het tot dan toe gekend had. Honderden christenen en talrijke missionarissen werden om het leven gebracht. Bij deze vervolging werd in 1900 monseigneur Hamer op zijn missiepost, die hij niet had willen verlaten, gevangen genomen. Zijn zes medebroeders had hij weggestuurd, omdat hij alleen wilde achterblijven bij zijn christenen. Na zijn gevangenneming werd hij dagenlang gefolterd en vernederd en op gruwelijke wijze om het leven gebracht. De stoffelijke resten werden na de vervolging op aanwijzing van een Chinees teruggevonden en op een bijpost begraven.

Na Hamers gewelddadige dood werd in Nijmegen onder voorzitterschap van monseigneur W. van de Ven, bisschop van Den Bosch, een comité gevormd voor de oprichting van een monument, waarvoor uit het hele land bijdragen binnenstroomden. In 1902 werd het monument voor Hamer en drie medebroeders onthuld op de kop van de Bisschop Hamerstraat (voorheen Verlengde Molenstraat) in het Nijmeegse stadscentrum. In 1949 werd het beeld verplaatst naar het plantsoen in de Van Schaeck Mathonsingel, omdat er ruimte moest komen voor noodwinkels. Na een halve eeuw werd besloten de bisschop weer terug te brengen naar zijn oude plek. Op 6 juli 1999 werd het 60 ton wegende monument in zijn geheel door een kraanwagen vervoerd naar de gereconstrueerde Bisschop Hamerstraat.

Door de Congregatie van Scheut werd ter nagedachtenis aan Hamer het Bisschop-Hamerhuis te Nijmegen gesticht als noviciaat en filosoficum voor toekomstige missionarissen. Enkele jaren na zijn dood werd de zaligverklaring van monseigneur Hamer aanhangig gemaakt bij de Congregatie van de Riten te Rome. Belangrijk bij een zaligverklaring is of de martelaar tot het einde toe heeft volhard in zijn geloof en zich niet heeft verzet. Omdat er geen ooggetuigen waren en geen betrouwbare gegevens bekend zijn over zijn wijze van sterven, is van een zaligverklaring van monseigneur Hamer nooit iets gekomen.