Sluiters vader Tileman behoorde tot de deftige burgers van het dorp. Hij was getrouwd met Geertruid Saalkink, de enige dochter van een Needse bierbrouwer-korenhandelaar. Willem was de oudste van de zes kinderen uit het eerste huwelijk. In 1637 stierf zijn moeder. Tileman Sluiter trouwde daarna met Anna Holten, welk huwelijk maar van korte duur was, en in 1641 voor de derde keer met Aeltje Hasebroek. Uit het laatste huwelijk werden nog vijf kinderen geboren.

Over de jeugd van Willem Sluiter is weinig bekend. Op 17 oktober 1646 werd hij ingeschreven als leerling van het Atheneum in Deventer en in 1649 als student theologie te Utrecht. In 1650 werd Sluiter toegelaten tot de openbare eredienst. Toen dominee Rumphius van Eibergen in juni 1652 overleed solliciteerde Sluiter naar de opengevallen predikantsplaats. De Eibergse kerkeraad sprak zich echter uit voor D. Rumphius, de zoon van de overledene, maar graaf Otto van Limburg Stirum, heer van Borculo, bij wie het recht van predikantsbenoeming te Eibergen berustte, besloot op 23 juli 1652 Sluiter te benoemen. De benoeming was ook tegen de zin van vele Eibergenaren, die hem ‘te swack’ vonden, wat men daaronder ook mag verstaan. In augustus maakte Sluiter zijn opwachting te Eibergen. Daar huwde hij op 3 augustus 1662 met de 22-jarige Margaretha Sibylla Hoornaerts, de oudste dochter van de rentmeester van de graaf. Het was een gelukkig huwelijk, dat echter maar kort duurde. Op 9 oktober 1664 stierf zijn vrouw, enkele weken na de geboorte van hun tweede kind, Johannes, die op 15 september geboren was. Op 11 juli 1663 was hun dochter Charlotte Geertruid geboren. Na de dood van zijn vrouw bleef Sluiter alleen in de pastorie wonen. De kinderen werden bij hun grootmoeder in Borculo ondergebracht.

In die tijd schreef Sluiter ook zijn eerste gedichten. Zijn debuut Psalmen, Lofsangen en geestelijke liedekens verscheen in 1659. De berijmingen van de psalmen en het dichten van geestelijke liederen paste in de traditie van zijn tijd. Omstreeks 1660 begon hij aan een bundel, een pastorale,die hem het meest bekend zou maken: Buiten-Leven, waarin hij het leven op het land verheerlijkte. In deze gedichten toonde hij zich afkerig van het stadsleven. Pas in 1668 werd de bundel uitgegeven. Nog in hetzelfde jaar publiceerde hij Eensaem Huis-en Winter-Leven, waarin Sluiter bezingt hoe hij woont en werkt. Het is een verdediging van zijn leefstijl, die vooral religieus en stichtelijk van aard is. Ook in dit werk wijst hij het stadsleven af met – naar zijn oordeel – de drukte, vertier en oppervlakkigheid. Het leven op het land staat dichter bij de natuur en bij God. In deze dichtbundel staan de volgende, in de Achterhoek graag aangehaalde, regels: Waer iemand duizend vreugden soek, Mijn vreugd is in dees’ achter-hoek. In september 1665 viel bisschop Bernhard van Galen (1600-1678), de bisschop van Munster, de Achterhoek en Twente binnen om zijn aanspraken op de heerlijkheid Borculo kracht bij te zetten. Verschillende predikanten, onder wie Sluiter, verlieten hun pastorie en zochten een veilig heenkomen. Sluiter vluchtte naar Zutphen en later Den Haag, waar een broer woonde. Daar zou hij ook kennismaken met andere dichters, zoals Geeraerdt Brandt. In april 1666 sloot de bisschop in Kleef vrede met de Republiek der Verenigde Nederlanden.

Op 16 mei ging Sluiter zijn gemeenteleden, met wie hij inmiddels een goede band had opgebouwd, weer voor in de kerk waarvan het interieur goeddeels was gesloopt. Zo was ook de preekstoel niet meer aanwezig. Staande op een trap hield Sluiter zijn predikatie. In juni 1672 viel de bisschop de Achterhoek opnieuw binnen en weer moest Sluiter de vlucht nemen. Op 20 mei verliet hij Eibergen al, misschien gewaarschuwd door een geestelijke uit het naburige klooster in het Zwillbrock. Volgens een andere lezing werd Sluiter op de komende aanval geattendeerd door een katholieke buurman, Teunis Hulsher, die werkzaam was in het Zwillbrockerveen. Hoorde Teunis daar dat men Sluiter gevangen wilde nemen? De Munsterse heersers waren namelijk erg op hem gebeten vanwege Sluiters lofdicht op Maria, de Lof der Heilige Maagt Maria, dat in 1669 was verschenen. Hierin beschreef hij de verering van Maria binnen de protestantse kerk. Hoewel het gedicht ook kritiek op de rooms-katholieke Mariaverering bevatte, werd het door katholieken gewaardeerd. In twee andere, polemische gedichten, uitte Sluiter zich feller tegen het katholicisme, namelijk Op de MIS-geloovige MISSE, en de Paapse Sacramentsdag, een ooggetuigeverslag van de viering in het Zwillbrock, die beide omstreeks 1671 verschenen.

Willem Sluiter vluchtte via Zutphen naar Holland, waar hij onder meer in Alkmaar vertoefde. Eind 1672 vertrok hij weer naar Deventer waar hij tot juni 1673 verbleef. Hier ontving hij een beroep naar Rouveen. Naar Eibergen kon hij voorlopig niet terug. Het is niet zeker of hij te Rouveen ook gepreekt heeft. In december 1673 overleed hij in Zwolle ten huize van zijn zwager Andreas Suave.

Sluiter wordt gekenschetst als een gereformeerd piëtist, die zich tegen het materialisme van zijn dagen keerde. In de ogen van de piëtisten moest de kerkelijke tucht strakker worden aangehaald. Bij veel predikanten waren allerlei ondeugden binnengeslopen. Het Piëtisme richtte zich op de bestrijding van de wereldse ondeugden en op een persoonlijke band met God. De zondag vooral moest geheel aan God worden gewijd. Sluiter heeft getracht zijn Eibergse geloofsgenoten in deze overtuiging te onderwijzen. Hij deed dat naast de gebruikelijke vermaningen, waarvan de kerkeraadsnotulen getuigen, ook via zijn poëzie. Hij verving de profane wereldlijke liederen door religieuze teksten, vaak op de melodie van de door het volk gezongen liederen. Uit zijn werk krijgt men trouwens niet de indruk, dat hij een scherpslijper was. Hij hield van zijn gemeenteleden, wat misschien het duidelijkst blijkt uit zijn Eybergsche Sanglust, dat in 1671 verscheen. Daarin bezong hij successievelijk de buurtschappen die Eibergen omringen. Het is geen grootse poëzie. Daarvoor zijn de woordspelingen te gewild. Het boek beleefde twaalf drukken. Dat Sluiter een volksdichter was, blijkt uit het feit, dat zijn liederen nog in de tweede helft van de 19de eeuw door de Eibergenaren werden gezongen, zoals onder de Pinksterkroon (een kroon van bloemen die met Pinksteren boven de straat werd gehangen) en op Oudejaarsavond.

Een specifiek genre vormden Sluiters doods-en sterfgezangen uit de bundel Christelyke Doods-Betrachting, die in 1667 verscheen. Een onderdeel daarvan was ‘Doods-Echt-Scheydinge’, waarin Sluiter in 632 versregels het ziekbed en het overlijden van zijn vrouw heeft beschreven. Het is zijn meest persoonlijke poëzie. Het gedicht getuigt van hun beider grote liefde en het vertrouwen op het gelukkige leven na de dood. Sluiter vermijdt hier de schone vorm en de franje. Willem Sluiter behoort niet tot de grote dichters uit de 17de eeuw. Maar binnen de kringen van de religieuze dichters uit zijn tijd neemt hij een belangrijke plaats in.