Toen Eibert negen jaar oud was overleed zijn moeder en besloot vader Teunis dat Eibert, samen met zijn jongere broer Beert en zusje Jannetje, meeging aan boord van het 40-tons vrachtscheepje Vertrouwen, waarmee hij brandhout, scheepstimmerhout en veevoeder vervoerde. De kinderen genoten onderwijs in de plaatsen waar het schip aanmeerde: Amsterdam of Harderwijk. Zo raakten de kinderen ook vertrouwd met de Zuiderzee. Aangemoedigd door het weergaloos rijke ansjovisjaar 1890 kocht vader Teunis een jaar later, samen met een visserman uit Harderwijk, een kuilnet en maakte dat jaar als gelegenheidsvisser een prachtige ‘besomming’ (winst). Hij liet zijn schip inschrijven onder registratienummer HK80 en viste zijn deel ruimschoots bij elkaar in de goede ansjovisjaren die na 1891 nog volgden.
Eibert voer tot zijn dertigste op het schip van zijn vader. Rond 1898 kwam hij als milicien bij de pontonniers te Dordrecht en bracht het daar tot sergeant. Hij keerde in 1903 terug in Harderwijk en vestigde zich als vishandelaar. Zijn broer Beert bleef met het schip Vertrouwen in de vaart.
De stad Harderwijk telde in die tijd ongeveer 7500 inwoners. Er waren 158 schepen ingeschreven, waarop tien procent van de mannelijke beroepsbevolking werkzaam was. Nadat vader Teunis zijn schip in 1904 verkocht had, begon hij samen met zijn twee zoons een garnalenpellerij. De garnalen lieten zij vangen, pellen en inblikken. Hun afzetgebied was vooral Engeland. Het pellen van de garnalen werd uitbesteed aan gezinnen die op zo’n manier nog ‘een daggeldje konden maken’ als de kinderen daarbij voor en na schooltijd konden worden ingezet. Om zich te verzekeren van een regelmatige aanvoer had de firma in de periode 1907-1916 vijf botters in de vaart. De garnalenfabriek werd vanaf 1912 gecombineerd met een vismeelfabriek, waarin de te kleine garnalen, die niet gepeld konden worden, werden gedroogd om daarna verkocht te worden als pluimveevoer.
Toen in 1915 de handel met Engeland ten gevolge van de oorlogstoestand niet meer mogelijk was, legden de broers zich geheel toe op de vismeelproductie en in 1916 verkochten zij al hun schepen. De aanvoer van grondstoffen, dode garnaal en nest (ondermaatse vis) werd verzorgd door de plaatselijke vissers. In 1918 werd de Wet tot afsluiting en droogmaking van de Zuiderzee door het parlement aangenomen. Om zich tegen het stagneren van de aanvoer voor de visconserven en vismeelproductie in te dekken, startten Eibert en Beert rond 1920 iets geheel nieuws: een kalkzandsteenfabriek, de eerste echte industrie in Harderwijk! De fabriek heeft tot 1936 gefunctioneerd.
Eibert den Herder was in Nederland de drijvende kracht achter het verzet tegen de regeringsplannen voor de afsluiting en droogmaking van de Zuiderzee. Tientallen protestbrieven van vissers én mensen die in de nevenbedrijven werkzaam waren, gingen naar de regering en de instanties die zich bezighielden met de planvorming en uitvoering van de Zuiderzeewerken. Vele ingezonden stukken bereikten de pagina’s van plaatselijke en landelijke kranten en tijdschriften. Talloze vergaderingen en protestbijeenkomsten werden door Den Herder in alle plaatsen rondom de Zuiderzee belegd. Toen in 1925 ook de Zuiderzeesteunwet werd aangenomen, ontstond er een zekere vijandigheid tegen de waterstaatsplannen omdat de vissers geen schadevergoeding zouden krijgen, maar ‘steun’ waarvoor zij de hand op moesten houden. Ook de uitvoering van de wet was ingewikkeld en kwam over als onrechtvaardig. Eibert begon met het schrijven van boeken en brochures. Zo verschenen De drooglegging der Zuiderzee, een ramp voor Nederland (Harderwijk 1925), Domme golven, ingenieurskunst en keileem. Eenige beschouwingen over de Zuiderzeewerken (Harderwijk 1929) en Het Zuiderzeedrama (Harderwijk 1929). In deze publicaties waarschuwde hij onafgebroken voor de gevolgen van de afsluiting en droogmaking van de Zuiderzee. Hij wilde aantonen dat de ingenieurs van Rijkswaterstaat dingen over het hoofd zagen die het hele afsluitingsplan tot een “levensgevaarlijke daad” maakten, “gevaarlijk voor de natie en de economie”. Zijn belangrijkste argumenten waren:
In 1930 richtte Den Herder het Plaatselijk Comité tot Behoud van de Zuiderzee op, dat onder andere de vervaardiging van een nieuwe Zuiderzeefilm ten doel had, als antwoord op de ‘tendentieuze’ Zuiderzeefilm die de regering had laten maken door de folklorist D.J. van der Ven. De nieuwe film, die door de Stichting Harderwijk Als Visserijstad (HAV) werd gemaakt, was ca. 4000 meter lang, duurde in eerste aanleg drieëneenhalf uur en kostte circa tienduizend gulden. Later is deze film ingekort tot 35 minuten en voorzien van geluid. Hij is nog steeds te zien in het Stadsmuseum Harderwijk. In 1931 werd het plaatselijk comité omgezet in een landelijk comité. Eibert genoot landelijke belangstelling met zijn theorieën over vloedhoogten, wateropstuwing bij noordwesterstorm, de grondwaterstand, de economische betekenis van de Zuiderzeevisserij, de mogelijke klimaatsveranderingen en zijn alternatief voorstel om de dijk open te houden en een verbinding tot stand te brengen met een brug. De acties van het comité brachten de regering niet tot inkeer. Op 28 mei 1932 om 13.02 uur sloot de laatste hap keileem de dijk af en werd de Afsluitdijk een feit. De Zuiderzee was IJsselmeer geworden.
Vervolgens verzette Den Herder zich tegen de inpoldering. Hij schreef weer brochures en produceerde nog meer ingezonden stukken. Aan zijn acties werd echter geen aandacht meer geschonken.
Aan de samenwerking met zijn broer kwam in 1936 een einde. Eibert ging zijn eigen weg en werd eigenaar van een visconservenfabriek, waar consumptieartikelen van eigen vinding, zoals haring en garnaal in blik, werden vervaardigd. Dit heeft hem bepaald geen windeieren gelegd, hij werd een rijk man. Aan het begin van de Tweede Wereldoorlog moest hij zijn bedrijf sluiten. Hij raakte langzamerhand vergeten, de inwoners van Harderwijk vonden hem een zonderling en zijn achterban van plaatselijke vissers werd steeds kleiner.
Maar Eibert den Herder heeft meer gedaan dan alleen het verzet leiden tegen de Zuiderzeewerken. Zijn lijfspreuk ‘Harderwijk moet het hebben van het water!’ bracht hem ook tot constructieve daden. Hij was de drijvende kracht achter de opening van een nieuwe bootverbinding met Amsterdam en het graven van een vaargeul door de zandbank Het Harde voor de kust van Harderwijk. De scheepvaart van en naar de haven van Harderwijk profiteerde lange tijd van de laatstgenoemde maatregel. Vanaf 1926 kon de stoomboot weer regelmatig de stad aandoen. In 1943 kwam op regeringsniveau de vestigingsplaats voor een nieuw te stichten Zuiderzeemuseum, als dependance van het Nederlands Openluchtmuseum, aan de orde. Twee steden kwamen daarvoor in aanmerking: Enkhuizen en Harderwijk. Het gemeentebestuur van Harderwijk maakte zich sterk voor de komst van het Zuiderzeemuseum naar Harderwijk. Immers: de strijd tegen de afsluiting was voornamelijk vanuit Harderwijk gevoerd! Eibert was inmiddels 68 jaar oud, maar was meteen enthousiast vóór dit project, dat echter aan Enkhuizen werd toegewezen. Eibert den Herder was tevens lange tijd lid van de gemeenteraad, bestuurslid van de Stichting Harderwijk als Visserijstad en de Watersportvereniging Flevo.
Eibert vond dat hij ook aardig kon schilderen: “Ik heb uren lang bij Jozef Israëls gestaan die me het schepen-schilderen heeft geleerd.” En zo startte hij eind 1943 de productie van zo’n honderd schilderijen waarmee hij in juli 1944 klaar was. In deze serie liet hij zien hoe, naar zijn idee, de geschiedenis van de Zuiderzeevisserij was verlopen. Hij werkte chronologisch, van volgnummer naar volgnummer. Zijn toelichting schilderde hij ook in de taferelen en hij schreef voor het gemak in het Harderwijks dialect. Hij stelde zijn schilderijen in 1944 ten toon in een leegstaande hal van zijn fabriek en verzorgde zelf zijn even schilderachtige explicaties. Zoals een naïef schilder betaamt, had hij veel oog voor technische details, maar wat hij vooral wilde was uitdrukking geven aan zijn grote droom: een ongeschonden Zuiderzee, wemelend van vissers op botters en pluten die de gretig toezwemmende vis vangen. Nog éénmaal waren zijn schilderijen te zien bij de feesten rondom het 50-jarig regeringsjubileum van Koningin Wilhelmina in 1948. In dat jaar werd ook zijn laatste boek Het goud der zee (Harderwijk 1948) uitgegeven.
Na diverse omzwervingen is de collectie schilderijen van Eibert, alsmede al zijn brochures en romans, opgenomen in het Stadsmuseum Harderwijk.