De jeugdige Jan Backer leerde het vak van suikerraffinadeur van zijn vader en van een bevriende suikerraffinadeur. Toen hij 18 jaar was, in 1808, begon hij zijn financiën in een journaal en een grootboek bij te houden, hij voelde zich een zelfstandig koopman en raffinadeur. Juist in dat jaar echter begon de scherpe daling van de invoer van ruwe rietsuiker. Die daling werd veroorzaakt door het continentaal stelsel, waarmee Napoleon Engeland trachtte economisch te isoleren. Het stelsel verbood de invoer van producten uit de tropen, zoals rietsuiker. Er viel daardoor weinig te raffineren voor Jan Backer. Hij reageerde op deze veranderingen door nieuwe mogelijkheden te onderzoeken. Op kleine schaal nam hij proeven om siroop te maken uit suikerbieten. Hij liet zich daarbij adviseren door zijn zwager, de Dordtse apotheker dr. Hendrik Onnen.

In juli 1811 vormden Jan Backer en zijn vader een compagnieschap met drie Rotterdamse raffinadeurs om een bietsuikerfabriek te beginnen. Als vestigingsplaats kochten zij het landgoed de Oorsprong in Oosterbeek. Jan Backer leidde de fabriek die daar gebouwd werd, en die in oktober 1811 in bedrijf ging. Ondanks de zeer hoge prijzen die in die jaren voor suiker betaald werden, bracht de fabriek geen winst aan de eigenaren. Men had het bietsuikerproces nog onvoldoende in de hand. In september 1814 kocht Backer van zijn partners het landgoed met de fabriek om die voort te zetten als bietenstroopfabriek, die hem weliswaar wisselende maar vaak mooie winsten opleverde.

De bietenpulp, die bij de stroopfabricage als restant over bleef, gebruikte Backer als veevoer in eigen bedrijf. Hij kocht ieder jaar in september runderen, 110 kon hij er stallen, voerde ze de hele winter, en verkocht ze weer in het voorjaar. In de loop van de jaren zou hij een geroutineerde, maar voorzichtige veehandelaar worden. Hij gaf veel aandacht aan zijn boerderij. Als boer liet Backer zien dat hij vindingrijk, zuinig en systematisch was, wat hem een zilveren medaille van de Maatschappij van Landbouw te Amsterdam opleverde. In 1831 breidde Backer zijn fabriek uit, naast stroop begon hij – met gebruik van stoom – ook suiker uit bieten te maken. Enkele jaren later werd begonnen met de fabricage van aardappelmeel en glucosestroop.

In de fabriek werkten ’s winters zo’n vijftig à zestig arbeiders. Het bedrijf gold in zijn dagen en in zijn omgeving als zeer groot, modern en belangrijk. Backer ontleende aanzien eraan, wat zeker van invloed is geweest op zijn benoeming in augustus 1829 tot burgemeester en secretaris van de gemeente Renkum, waar hij al sinds 1816 lid van de raad en ‘assessor’ was. Jan Backer was een bekwaam en krachtig bestuurder, maar naarmate hij ouder werd ook een barser man, die veel tegenstand in zijn gemeente ondervond. Per 1 januari 1850 was Backer tevens als burgemeester en secretaris in Doorwerth benoemd, vooruitlopend op een beoogde samenvoeging van deze gemeente met Renkum. Onder leiding van baron van Brakell van Doorwerth verzette de gemeenteraad van Doorwerth zich heftig tegen deze benoeming. In de bizarre conflictsituatie die daarbij ontstond toonde Backer zich meer een vindingrijk en scherpzinnig kenner van de gemeentewet dan een verzoeningsgezind bestuurder. Ook in Oosterbeek ontstonden rond Backer te veel controverses. Naar de mening van L.A.J.W. Sloet, secretaris van Gedeputeerde Staten, was Backer tenslotte geen geschikte burgemeester meer. In een gesprek met Thorbecke kon Jan Backer, die als “ongemakkelijk en onbuigzaam” werd omschreven, die indruk niet meer wegnemen. Hem werd geen keus gelaten. Hij vroeg en kreeg, vanwege zijn duidelijke verdiensten eervol, ontslag per 31 december 1851.

Het geld dat zijn vrouw van haar ouders erfde, stelde hen in staat ruim te leven.en fraai te wonen in het grote huis dat hij in 1828 op de Oorsprong bouwde. Backer en zijn vrouw waren welgestelde burgers, maar niet zeer rijk.

Backer was sinds 1837 ouderling-kerkrentmeester in de kerkenraad van de Evangelisch Lutherse Gemeente in Arnhem. Hij was lid en bestuurslid van verenigingen als de Nederlandsche Maatschappij ter Bevordering van Nijverheid, het Arnhemse wetenschappelijk genootschap Prodesse Conamur, en de Nederlandse Entomologische Vereniging. “Een algemeen achtenswaardig lid der maatschappij [die] onder de aanzienlijksten ingezetenen [der gemeente] behoort”, schreef gouverneur Van Heeckeren in 1829, nog voor Backers benoeming tot burgemeester. In het voorjaar van 1852 stopte Backer de suiker- en stroopfabriek. Onder de nieuwe accijnswet was het financiëel niet interessant meer voor hem om door te gaan. Na de stopzetting verkocht Backer de Oorsprong en kregen nieuwe zaken zijn aandacht. Hij deed proeven om ruwe wol machinaal koud te kammen. Samen met zijn zoon Evert Jan stichtte hij een machinale stoomwolkammerij in Oosterbeek, wat opnieuw een flinke investering vroeg. Als rustend burger bleef Jan Backer een experimenteel onderzoeker. Hij verzorgde zijn vlinderverzameling en schreef over zijn uitvoerige en systematische proeven om zijderupsen te kweken. Hij overleed op 21 oktober 1872 te Oosterbeek, tweeëntachtig jaar oud.

Backer was een koopman en een industriële ondernemer op lokaal niveau, die graag nieuwe, onbekende dingen aanpakte en onderzocht met het doel ze economisch rendabel te maken. Hij was geen geleerd onderzoeker maar een praktische, experimentele ontwikkelaar. Hij was een goed financier. Backer liet zich vaak door deskundigen adviseren, en hij ging op reis om de apparaten en resultaten van anderen met eigen ogen te zien. Hij ontwikkelde een proces voor de vervaardiging van bietsuiker, en vereenvoudigde dat tot een proces voor bietenstroop toen het eerste niet rendabel bleek. Hij trachtte papier te maken uit bietenpulp, en rum uit bietenmelasse. Hij experimenteerde met de teelt van bieten. Hij deed een tweede en meer geslaagde poging tot ontwikkeling van een bietsuikerproces, en paste als een der eersten in Nederland stoom toe in de suiker- en stroopbereiding. In zijn bietsuikerfabriek produceerde hij ook aardappelmeel en glucosestroop. Hij ontwikkelde een nieuwe drank, een soort licht bier. Hij ontwikkelde landbouwwerktuigen en hij probeerde een nieuw proces voor het kammen van ruwe wol te ontwikkelen en hij onderzocht de teelt van zijderupsen.

Backer heeft niet gepoogd om op grond van de door hem verworven kennis, eventueel in samenwerking met anderen, een echt grote suikerfabriek te bouwen. Oosterbeek, waarmee hij zo verbonden was geraakt, was daarvoor niet de goede vestigingsplaats. Zo een heftige ambitie paste ook niet in het comfortabele leven van de welgestelde fabrikant en burgemeester, die ook nog andere besognes had in een omgeving waar hij als vooraanstaand gold. Hij was daarmee een typische vroegkapitalist. Jan Backer was een actieve, onderzoekende en ondernemende 19de-eeuwer.